Au cours de ses études de droit et de sociologie des loisirs (ULB), Charlotte Messiaen poursuit sa formation musicale au Conservatoire Royal de Musique de Bruxelles. Elle séjourne ensuite à Budapest pour étudier, à l’Académie Franz Liszt, les structures de l’enseignement musical hongrois, et découvre l’univers du chant choral sous la direction de Gábor Ugrin.
Depuis, elle a enseigné la musique dans des écoles maternelles et primaires ainsi qu’en académies, et a assuré de nombreuses formations d’enseignants. Présidente de l’Association Kodály de la Communauté française de Belgique, elle a été professeur de méthodologie à l’IMEP, l’Institut Supérieur de Musique et de Pédagogie de Namur et conseiller du Ministre de l’Education de la Communauté française entre 1985 et 1988.
En 1999, elle devient cofondatrice du “Petit Conservatoire du Brabant wallon”, qui s’inspire de l’exemple de Zoltán Kodály et organise de nombreux chœurs d’enfants.
En septembre 2004, Charlotte Messiaen fonde la Chorale universitaire de Louvain, qu’elle dirigera jusqu’en décembre 2015 pour laisser la baguette à Stefano Poletto.
Outre la Chorale universitaire de Louvain, elle a fondé et dirigé pendant près de trente ans l’Ensemble vocal du Brabant wallon, chœur de jeunes à Louvain-la-Neuve, ainsi que l’Ensemble Vocal Kodály, choeur de femmes.
Elle dirige également les “Petits Chanteurs de Sombreffe”. Depuis 2012, elle est conférencière à l’Université des Ainés à Louvain-la-Neuve.